L'histoire de H2O tourne autour de Takuma Hirose, un élève de lycée aveugle, et dont la cause de son aveuglement est inconnue. La mort inatendue de sa mère l'a profondément bléssée, ce qui l'a rendu solitaire et réservé. A cause de ça, Takuma et son père quitte la ville afin de s'installer a la campagne et Takuma y intêgre un nouveau lycée. Dans sa nouvelle école il rencontre plusieurs filles dont trois qui l'interressent plus que les autres. Il y a Hayami Kohinata fèrme et obstiné, Hinata Kagura gentille et serviable ainsi que la joyeuse mais mystérieuse Otoha. Plus Takumi se rapproche de ces filles, plus sa condition médical s'améliore.