A Shibusen, école de shinigami, les élèves forment un binôme avec une arme pouvant se transformer à volonté d'arme en humain et inverse.
Le but de cette école est de former des Death Scythe, des faucheuses qui ne pourront être utilisé par Shinigami-sama (la morte elle-même) qu'après avoir engloutis 99 âmes et 1 de sorcière
Les étudiants cherchent alors à devenir le bras armé de la mort.

Maka Alban la fille de l'actuel Death Scythe du Shinigami, fait équipe avec Soul ayant la forme d'une faux. Le coup de livre de Maka est très redoutable... Black Star se dit assassin bien qu'il aime se montrer en spectacle, il essaye de nourrir Tsubaki, une arme pouvant prendre plusieurs formes d'armes Ninja. Death The Kid fils de Shinigami-sama, maniaque de la symétrie ne veut être pistonné, c'est pourquoi il s'efforce de récolter les âmes pour ses deux compagnons les soeurs Liz et Patty Thompson, des révolvers en mode arme.
L'anime trace l'histoire de ces trois personnes.
(Ce ne sont pas des Héros non plus....)